Külliyenin ilk yapımı Yavuz Sultan Selim'in hocası olan Kastamonulu Halimi Çelebi'nin yaptırdığı cami ile başlamıştır. Daha sonra 1547 yılında Kanuni Sultan Süleyman'ın Hazine Resi olan Yakup Ağa camiyi tadilata almış ve yanına medrese, imaret, misafirhane ve sıbyan mektebi inşa ettirerek burayı bir külliye haline getirmiştir. Halimi Çelebi Yavuz Sultan Selim'in Trabzon Valiliği döneminde hocalık görevinde bulunmuştu. Külliyenin içinde bulunan camiyi yaptırmış olan Halimi Çelebi Yavuz Sultan Selim'in asıl hocası konumumda bulunmaktaydı. Aynı zamanda Yavuz Sultan Selim'in oğlu olan Kanuni Sultan Süleyman'a da hocalık yapmıştı. Yavuz Sultan Selim'le beraber Mısır Seferi'ne katılan Halimi Çelebi dönüşte Şam yolunda vefat ederek yine Şam'da bulunan türbeye defnedilmiştir. Cenaze namazını ise Yavuz Sultan Selim kıldırmıştır. Külliyenin yapılmasını sağalayan kişi olan Yakup Ağa ise Kırım'da doğmuştur. Yakup Ağa'nın kitabeye göre Osmanlı Sarayı'nda Hazinedarbaşı olarak görev yaptığı anlaşılmaktadır. Kendisi tarafından camiye vakfiye edilen 1547 tarihli iki bakı şamdanda görevi '' Serkilar-ı '' olarak yazılmıştır. Bu yüzden şamdanların sipariş verildiği zamanki görevi Kilercibaşı olarak geçmektedir. Yakup Ağa Kırım'da doğmuş olduğundan dolayı külliyeye yakın bir mahallenin ismi o zamanlar Kırım'ın başkenti olan Akmescit olarak geçmektedir. Külliyenin banisi olan Yakup Ağa'nın türbesi Bulgaristan'da bulunmaktadır.
Cami, kesme taştan yapılmıştır. Kubbeler kurşunla örtülü olup minaresi caminin bitişiğinde güneybatı köşesine inşa edilmiştir. Camini kapısı ahşap ve sedef işçiliği ile dikkat çekmektedir. Oyma sanatının en iyi örneklerinden biri olan kapı kanatlarındaki panolarda '' Bu caminin kapısı her zaman sevinçle açılsın. '' ve '' Ben Allah'ın birliğine şehadet ederim. '' yazmaktadır. Yakupağa Cami ses akustiğinin ilk kez yapıldığı yerdir. Yıllar içinde cami 3-4 sefer tamirattan geçmesine rağmen çoğu şeyi orijinal olarak günümüze kadar gelmiştir. Rivayete göre Edirne Selimiye Cami buranın yapısına göre şekillenmiş ve 9 katlı inşa edilmiştir. Caminin yanında yer alan mezarlıklar ise o dönemin önemli isimleri olup türbeleri bulunmamaktadır. Yapının sade ama etkileyici mimarisi özellikle cami ve medrese bölümlerinde kendini göstermektedir. Geniş avlu ve kubbeli yapı külliye ye estetik görünüm kazandırmaktadır. İçte kare plandan kubbeye geçiş pandantiflerle olmuştur. Dışta sekiz köşeli bir kubbe kasnağı vardır. Son cemaat mahallinde sekizgen planlı dört adet sütun vardır. Sütunlar üzerinde baklavalı başlıklar bulunmaktadır. Cami mermerden yapılmış süslemesiz bir minbere sahiptir. Yakupağa Camisi yanaşık derzli kesme taş örgü tekniği ile inşa edilmiştir. Yıllar boyunca Yakupağa Cami olarak bilinen yapı Halimi Çelebi Cami olarak geçmektedir. Ancak caminin ismi daha sonra caminin imamı Mustafa Bacak tarafından Yakupağa Halîmi Çelebi Cami olarak düzeltilerek caminin kapısına bu şekilde yazılmıştır. Külliyenin yapımını sağlayan aynı zamanda camiyi de tadilattan geçirmiş olan Yakup Ağa'nın memleketi olan Kırım'ın Kefe kazasından camiye gelirler bağlanmış ve bağışlar yapılmaştır. Bu sebeple günümüzde külliyenin önündeki yokuş '' Kefeli Yokuşu '' olarak bilinmektedir.
Külliyenin kuzeyinde yer alan imarethane, aşevi bitişiğinde önü revaklı, üzeri kubbeli olup misafirhane olarak kullanılmış beş oda bulunur. İmarethanenin daima açık olduğu, zengin fakir ayırmaksızın herkese ikram yaptığı anlatılır. Külliyenin aşevi kısmında günümüzde avluda çay ve kahve içerek vakit geçirilmektedir. Külliyede bulunan Sıbyan Mektebi günümüzde el sanatları satış yeri olarak kullanılmaktadır. Medrese külliyenin diğer bir kısmını oluşturup girişinde üzeri kubbeli odalar, güneyinde de tonoz örtülü odalar vardır. Osmanlı medreseleri arasında belli bir plan tipine uymayan kendine özgü bir şekli vardır.
YAKUPAĞA KÜLLİYESİ'NE NASIL GİDİLİR
Külliye şehir merkezini gören bir tepede yer almaktadır. Külliyeye özel araçlarıyla gitmek isteyen kişiler şehir merkezinde bulunan Cumhuriyet Caddesi üzerinden Belediye Caddesi'ni takip ettikten sonra yol üzerinde bulunan Osmanlı Konağı'nı geçip Kefeli Sokak'ta bulunan külliyeye ulaşım sağlayabilirler. Toplu taşıma araçlarıyla külliyeye gitmek isteyen ziyaretçiler ise külliye istikametinde bulunan dolmuş hatlarını kullanarak ve külliyenin yakınlarındaki duraklarda inerek ulaşım sağlamaktadırlar.
Yakupağa Külliyesi, Hepkebirler, Kefeli Sk. No:3, 37100 Kastamonu Merkez
