Cami, adını aldığı mahalleyle birlikte geçmişte "Musafakih Mahallesi" olarak anılıyordu.
Yapım tarihi kesin olarak bilinmeyen cami, mimari özellikleri ve tarihi belgeler ışığında Candaroğulları Beyliği dönemine ait eserler arasında değerlendiriliyor. Caminin banisi olarak kabul edilen Musa Fakih, Candaroğlu devrinde yaşamış önemli ulemalardan biri. Vakıf kayıtlarında yer alan bir mukarrernâme ile, kendisine İsmail Bey tarafından bir vakıf arazisinin tasarruf hakkının verildiği belgeleniyor.
Musafakih Camii, mimarisiyle dikkat çekiyor. 110 cm kalınlığındaki moloz taş duvarlarıyla sağlam bir yapı özelliği taşıyan caminin çatısı ahşap üzerine kiremit örtülü, minaresi ise yine ahşap malzemeden inşa edilmiş. Son cemaat mahalli ise yapıya sonradan eklenmiş.
9.5x13.5 metre boyutlarındaki harîm kısmının girişinde, iki yanda ahşap mahfiller yer alıyor. Tavan göbeği ve çevresi zarif kalem işi süslemelerle bezenmişken, minberde de bitkisel motifler dikkat çekiyor. Mihrap ise alçı malzemeden yapılmış olup, geometrik ve bitkisel süslemelerle zenginleştirilmiş.
1748 (Hicri 1161) yılında Zihnizâde Hacı Ali Efendi tarafından kapsamlı bir şekilde onarılan cami, bu tarihten sonra halk arasında "Zihnizâde Camii" olarak da anılmaya başlandı. 1950 yılına kadar Zihnizâde ailesi caminin imamet ve bakım hizmetlerini üstlenmiş, 1951 yılında ise cami Vakıflar İdaresi'ne devredilerek resmî kadroya alınmıştır.
Caminin batısında yer alan hazirede iki önemli mezar bulunuyor: kıble yönündeki mezar Musa Fakih Efendi’ye, diğeri ise Hacı Ali Efendi’ye ait. Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından 2016 yılında restore edilen Musafakih Camii, bugün hâlâ ibadete açık ve Kastamonu’nun tarihî camileri arasında özel bir yere sahip.
